AlphaFold2 Ehpc计算巢快速部署
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概述
AlphaFold2是DeepMind制造的深度学习模型，用于蛋白质结构预测。本文介绍了通过阿里云ehpc Nvidia GPU规格和计算巢快速部署AlphaFold2。
前提条件
部署AlphaFold2社区版服务实例，需要对部分阿里云资源进行访问和创建操作。因此您的账号需要包含如下资源的权限。 说明：当您的账号是RAM账号时，才需要添加此权限。
| 权限策略名称 | 备注 |
|---|---|
| AliyunECSFullAccess | 管理云服务器服务（ECS）的权限 |
| AliyunEHPCFullAccess | 管理弹性高性能计算（EHPC）的权限 |
| AliyunNASFullAccess | 管理文件存储（NAS）的权限 |
| AliyunVPCFullAccess | 管理专有网络（VPC）的权限 |
| AliyunROSFullAccess | 管理资源编排服务（ROS）的权限 |
| AliyunComputeNestUserFullAccess | 管理计算巢服务（ComputeNest）的用户侧权限 |
计费说明
AlphaFold2社区版在计算巢部署的费用主要涉及：
- 弹性高性能计算集群（EHPC）费用
- 文件系统（NAS）费用
- 流量带宽费用
部署架构
- 部署由一个ehpc集群组成，ehpc集群中包括1台manager节点和多台compute节点
- manager和compute节点都部署在ecs上，其中compute节点包含gpu卡
- 服务使用nas-cpfs构建高性能共享文件系统
参数说明
| 参数组 | 参数项 | 说明 |
|---|---|---|
| 服务实例 | 服务实例名称 | 长度不超过64个字符，必须以英文字母开头，可包含数字、英文字母、短划线（-）和下划线（_） |
| 地域 | 服务实例部署的地域 | |
| 付费类型 | 资源的计费类型：按两付费和包年包月 | |
| EHPC集群配置 | 集群登录密码 | 长度8-30，必须包含三项（大写字母、小写字母、数字、 ()`~!@#$%^&*-+=|{}[]:;'<>,.?/ 中的特殊符号） |
| Ehpc部署模式 | Tiny，Simple，Standard | |
| 计算节点实例类型 | 可用区下可以使用的计算节点规格 | |
| 计算节点数量 | 计算节点数量, 可选值: 1-99 | |
| 登录节点实例类型 | 可用区下可以使用的登录节点规格 | |
| 管控节点数量 | 管控节点数量, 可选值: 1,2,4 | |
| EHPC登录配置 | 登录用户名 | |
| 登录用户密码 | 长度8-30，必须包含三项（大写字母、小写字母、数字、 ()`~!@#$%^&*-+=|{}[]:;'<>,.?/ 中的特殊符号） | |
| 网络配置 | 可用区 | ECS实例所在可用区 |
| VPC ID | 资源所在VPC | |
| 交换机ID | 资源所在交换机 |
部署流程
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访问计算巢AlphaFold2社区版部署链接 ，按提示填写部署参数：
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参数填写完成后可以看到对应询价明细，确认参数后点击下一步：确认订单。
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确认订单完成后同意服务协议并点击立即创建 进入部署阶段。部署会用时几个小时，下载数据会比较慢，下载输出的日志存放在/root/download.log中
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等待下载数据完毕后就可以开始使用服务。可以到CASP14 中拷贝T1050的示例数据 存放到/home/alphafold/T1050.fasta中，通过ehpc控制台登录集群，输入用户名密码登录。
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然后到ehpc控制台任务管理执行命令。
-- /usr/bin/python3 /home/share/alphafold/docker/run_docker.py --fasta_paths=/home/alphafold/T1050.fasta --max_template_date=2020-05-14 --data_dir=/home/data --docker_image_name=alphafold:latest --output_dir=/home/alphafold
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查看ehpc任务状态等待几个小时后发现 /home/alphafold/目录生成了对应的日志(T1050.e1)和结果(T1050文件夹)，进入T1050文件夹拷贝出rank_0.pdb。
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在蛋白质结构预测结果网站 中打开rank_0.pdb，会看到对应的蛋白质结构。
